A partir del moment en què s’ha resolt la inscripció com a apte, l’operador estarà sotmès a un sistema de control segons el qual s’indica en la normativa vigent en matèria d’agricultura ecològica. El sistema consistirà en visites de control anuals, tant amb avís com sense avís, i també es realitzaran preses de mostres que seran posteriorment analitzades en un laboratori acreditat per detectar possibles usos de productes no permesos en agricultura ecològica.

Els incompliments que es detectin a partir de les visites de control i presa de mostres donaran lloc a un procés sancionador que pot anar des de la desqualificació del producte, de les parcel·les, del lot, o de la campanya, fins a la suspensió temporal del certificat o la baixa definitiva dels registres del CBPAE.