A partir del momento en que se ha resuelto la inscripción como apta, el operador estará sometido al sistema de control según el cual se indica en la normativa vigente en materia de agricultura ecológica. El sistema consistirá en visitas de control anuales, tanto con aviso previo como sin aviso. Y también se realizarán recogida de muestras que serán posteriormente analizadas en un laboratorio acreditado para detectar posibles usos de productos no permitidos en agricultura ecológica.

Los incumplimientos que se detecten a partir de las visitas de control y la recogida de muestras darán lugar a un proceso sancionador que puede ir desde la descalificación del producto, de las parcelas, del lote, o de la campaña, hasta la suspensión temporal del certificado o la baja definitiva de los registros del CBPAE.