
El Consell Balear de la Producció Agrària Ecològica es va crear l'any 1994 mitjançant el Decret 99/1994, de 21 de setembre (BOCAIB nº127, de 18 d'octubre), com a autoritat única de control de productes agroalimentaris ecològics existent en el territori de la Comunitat Autònoma de les Illes Balears , i com a òrgan col.legiat y desconcentrat de la Conselleria d'Agricultura i Pesca.
Com a consequència d'haver assumit la comunitat autònoma les competències en matèria de defensa contra el frau i la qualitat agroalimentària, es varen incluir en el seu àmbit territorial les mesures necessàries per a evitar la utilització fraudulenta de les indicacions regulades pel reglament 2092/91 i les posteriores modificacions. Per a la consecució d'aquest objectiu es va considerar necessària la creació d'un Consell amb una estructura que fés possible la separació entre control i assessorament, formació i promoció, a fi de donar compliment a la normativa europea EN 45011/ISO 65 sobre criteris relatius als organismes de certificació que realitzen la certificació de productes. Les modificacions referents a la composició i funcions de la Junta Rectora, etc. s'adaptaren amb l'aprobació del Decret 153/2000, de 15 de desembre (BOIB nº155, de 21 de desembre).
Posteriorment , el 2004, amb l'aprovació del Decret 49/2004 de 28 de maig, de Règim jurídic i econòmic dels consells reguladors i d'altres ens de gestió i de control de denominació de qualitat (BOIB nº79 de 5 de juny), el CBPAE es constitueix com a corporació de dret públic de base associativa, amb personalitat jurídica pròpia, autonomia econòmica i plena capacitat d'obrar per al compliment de les funcions derivades del règim aplicable a la producció agrària ecològica i la seva indicació en els productes agraris i alimentaris establert pel Reglamento (CEE) Nº 2092/91 del Consejo de la Unión Europea, de 24 de junio de 1991, sobre la producción agraria ecológica y su indicación en los productos agrarios y alimenticios (Reglament 2092/91 d'ara en endavant).
Fruit de l'acord polític entre los Ministres d'Agricultura de l'Unió Europea, el 28 de juny del 2007 es va aprovar el nou Reglament (CE) 834/2007 damunt producció i etiquetat dels productes ecològics europeus que deroga el Reglament (CEE) 2092/91. Les noves normes serviran de base per afegir noves disposicions en matèria d'aqüicultura ecològica i producció ecològica de vi, algues i llevats. Per altra banda, el Reglament (CE) nº 889/2008 aprovat el 5 de setembre de 2008 estableixen les disposicions d'aplicació del Reglament nº 834/2007.
Finalment el 25 d'abril de 2009 es va publicar al Butlletí Oficial de les Illes Balears el nou Decret de funcionament del CBPAE, el Decret 27/2009 de 17 d'abril. Era un requisit molt important tenir un document que recollís les claus del funcionament per tal d'adaptar-se al Decret 49/2004 i alhora ajustar-se a la norma EN-45011, exigència del Reglament (CE) 834/2007. Hi ha varis canvis respecte el Decret Decret 153/2000 com la composició de la Junta Rectora i del Comitè de Qualificació, la incorporació de la figura d'un vicepresident i la eliminació de la Comissió Permanent entre d'altres.
Amb caràcter general, aquestes corporacions de dret públic estan subjectes al dret privat, excepte en les actuacions que impliquin l'exercici de potestats o funcions públiques, cas en que s'han de subjectar al dret administratiu (Artícle 3.2. del Decret 49/2004). En el cas del CBPAE seria l'actuació derivada de la inscripció en els registres establerts per la norma vigent, i de las funcions de supervisió d'acreditació del compliment del sistema de control establert pel Reglament Europeu (CE) nº 834/2007, i pel règim sancionador que es detalla en el Decret 153/2000.
Las funcions d'autoritat competent del CBPAE són exercides, a l'àmbit de les seves competències, per la Comunitat Autònoma de les Illes Balears, a través de la Conselleria d'Agricultura i Pesca.
L'estructura del CBPAE està formada per l'òrgan de govern, l'òrgan executiu, i l'òrgan de serveis.
Assemblea General
Tots els membres de la Junta Rectora tenen veu i vot, amb excepció dels representants de les administracions i el Director Tècnic -aquest últim actua como a secretari- que assisteixen a les sessions amb veu pero sense vot.
El CBPAE compta amb cinc departaments (Administració, Control, Formació, Promoció genèrica i Qualitat), cada un dels quals disposa del personal qualificat necessari per a poder desenvolupar les seves tasques i assolir els objectius establerts pel CBPAE, en primera instància pel Decret 153/2000, y desenvolupats en el Quadern de Normes Tècniques de Producció Agricola i Ramadera i el Reglament de Règim Intern.